城乡隔离的二元经济体制的主要问题首先是造成了内需增长的严重阻碍。本来农民大量进入非农产业，极大地提高了劳动的配置效率和劳动生产率；相应的农民市民化和其赡养人口的城镇化提供了内需增长的强劲动力。但我国1.5亿农民工及其赡养人口的实际收入水平大大低于城镇居民，前者的收入如果能逐步向后者靠拢，这种低端收入的提高会大部分转化为消费需求。农民工在提供了巨大的廉价劳动力的同时又很少分享城市化的成果和文明，这是我们依赖外部需求的主要原因。

    其次，农民工及其家属不能市民化，也进一步扭曲了我们的产业结构和人力资本结构。由于农民工绝大部分是在第二产业就业，招之即来，挥之即去，企业基本上不考虑劳动力再生产和繁衍的教育及培训费用，廉价劳动力在一个长时期中的近乎无限供给阻碍了产业技术提升与升级换代。工业化初期的成本优势没有随着城市化发展、人力资本的相应提高逐步转变为技术优势和品牌、渠道优势。同时，由于农民工家庭不能市民化，劳动就业极大依赖于制造业和建筑业的行业景气，第三产业的发展受到严重阻碍，而后者本来是随着现代化进程吸收劳动就业的主要领域。 

    其三，资源的逆向配置。由于农民工不能市民化，农民工的储蓄基本上是汇回原籍乡村，赡养父母子女以及在乡村建房置业。1亿多农民工离乡不离土、离家不移家，影响了农村土地资源的合理利用和规模经营。 

    其四，城市化建设的畸形发展。由于城市发展并不考虑已经就业的农民及其家属，我国的城市化建设出现了围绕少数城市居民自我循环的高端化发展。城市办公和居住条件甚至超过了人均GDP是我们5倍、10倍以上的国家和地区。由于农民工及其家属并未真正离土，国家为保基本农田红线不得不严格控制城市化和工业化对土地的巨大需求，造成城市供地的制度性稀缺，进而大大推高了城市地价和房地产价格，致使城市化的成本和门槛越垒越高。

    最后，农民工及其家属不能逐步融入城镇，还带来了一系列的社会和伦理道德问题。